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导弹系统的费用估算对于采办费用的控制、方案的优化设计具有十分重要的意义和作用，但目前对导弹系统费用估算方法广泛存在估算精度不高、泛化能力差、计算过程繁杂等问题，为此，本文提出了基于最小二乘支持向量机的导弹系统费用估算方法，并采用了密度因子法来对样本集中的噪声数据进行剔除，研究表明，最小二乘支持向量机能够较好的适用于导弹系统的费用的估算，并具有较高的估算精度。