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以8个豆瓣菜的品种为试材，用筛选出的79个RAPD引物和34个ISSR引物对这8个品种基因组DNA进行扩增，分别扩增出361条和179条谱带，每个引物扩增出的带在3-10条之间，平均每个引物扩增出约5条带。根据所得的条带进行聚类分析，两种标记产生的聚类图存在一些差异，但它们都可以较好地将8个品种按亲缘关系的远近划分为3个不同的类群。Mantel测试得出相关系数r=0.581 55，表明RAPD和ISSR两种分子标记技术的相关度很低。