苹果热激转录因子生物信息学及表达分析

来源 :西南农业学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:daweihu2009
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[目的]探索苹果热激转录因子(Heat shock transcription factor,Hsf)家族的生物学信息与功能.[方法]在苹果基因组GD-DH13 v1.1中检索找到36个Hsf家族成员,并通过Pfam和NCBI Conserved Domain Database进行确认,然后利用TBtools、ExPASy、MEME等软件对其中33个含有完整Hsf结构域的基因做了进一步分析.[结果]这些Hsf基因编码的蛋白质含有189~ 530个氨基酸,分子量为21703.71~58972.96,等电点为4.55~ 8.58.亚细胞定位预测显示,除MD00G1095900和MD02G1171800可能定位于叶绿体/细胞核中,MD05 G1313700可能定位于细胞核/线粒体中,其他Hsf均定位于细胞核中.染色体定位和共线性分析显示苹果Hsf基因没有串联重复,但有16对共24个苹果Hsf基因存在片段重复.在盐碱胁迫下,多数Hsf基因的表达显著下调.蛋白相互作用分析显示MD03G1258300与热休克蛋白、超氧化物歧化酶铜分子伴侣、蛋白磷酸酶2C、蔗糖非发酵-1-相关蛋白激酶γ调节亚基存在相互作用;MD15G1283700与热休克蛋白、IAA氨基酸水解酶、碱性亮氨酸拉链存在相互作用.[结论]苹果Hsf家族成员可能在调控盐碱胁迫响应中发挥重要作用,该研究为进一步研究苹果Hsf的生物功能提供一定理论参考.
其他文献
[目的]克隆南瓜实蝇(Bactrocera tau)的气味结合蛋白(odorent binding proteins,OBPs)基因,并分析其相关生物学信息,为了解南瓜实蝇的嗅觉机制提供参考.[方法]基于南瓜实蝇转录组测序结果筛选获得OBPs基因并进行生物信息学分析,通过基因克隆测序验证鉴定OBPs基因,并采用sqRT-PCR检测OBPs在雌、雄虫不同组织中的分布情况.[结果]经PCR产物测序验证和BLAST比对后共鉴定得到6个南瓜实蝇OBPs基因,序列长度在498~ 955 bp,编码128~314 a
[目的]开展西南地区荞麦根结线虫发生危害与前茬作物及苦荞产量的相关性研究,为该地区苦荞生产合理布局和根结线虫绿色防控提供理论依据.[方法]以苦荞为试验材料,采用大田调查和人工接种试验,分析苦荞根结线虫发生危害与前茬作物及苦荞产量的相关性.[结果]前茬作物为烤烟,荞麦根结线虫发生危害最为严重,发病株率为60.47%,病情指数为23.25;其次为甘蓝,发病株率为11.95%,病情指数为3.31;玉米、马铃薯、玉米和马铃薯套种、油菜及辣椒等前茬作物,荞麦根结线虫发生危害较轻,发病株率在均5%以下,病情指数在1.
[目的]本文以水稻(Oryza sativa L.)辽星1号为材料,对其进行碱蓬内生菌(EF0801)侵染及稻瘟病感染,意在探讨碱蓬内生菌(EF0801)能否提高水稻幼苗对稻瘟病的抗性.[方法]对水稻进行碱蓬内生菌(EF0801)侵染及稻瘟病感染,测定其形态指标、光合色素含量、防御酶活性及MDA含量以及叶绿素荧光参数,并对其进行分析.[结果]水稻感染稻瘟病菌后,Chlb含量显著降低,光系统Ⅱ(PSⅡ)放氧复合体受到抑制,电子传递不平衡,光合效率下降,光合性能指数降低;但内生菌侵染的水稻幼苗在感染稻瘟病菌后
[目的]明确不同根系分隔方式对间作玉米大豆根际红壤Hedley磷组分与作物磷吸收的影响,为理解间作模式下红壤磷高效利用机制提供理论依据.[方法]以玉米大豆间作为研究对象开展盆栽模拟试验,设置根系塑料分隔(SB)、尼龙网分隔(MB)和不分隔(NB)3种方式,研究在不同磷水平下(P2O5,0、50、100、150、200 mg/kg土,分别用P0、P1、P2、P3、P4表示)玉米和大豆生物量、磷吸收量及根际土壤活性、中活性和稳定性磷组分的变化.[结果]相比SB,NB显著提高间作玉米和大豆的生物量,间作系统生物
[目的]旨在明确我国云南省主要植胶区——西双版纳橡胶树炭疽病菌复合群的种属分类,筛选橡胶树炭疽病菌Colletotri-chum cliviae的防治药剂.[方法]采集分离西双版纳地区橡胶树炭疽病菌,通过形态学和多基因系统进化分析相结合的方法进行鉴定,并采用菌丝生长速率法对杀菌剂进行室内毒力测定.[结果]成功分离鉴定出35株橡胶树炭疽病菌,其中63%的菌株属于胶孢炭疽菌复合群,34%的菌株属于尖孢炭疽菌复合群.系统发育树进一步将35株炭疽菌归为4个种属,分别为胶孢炭疽菌复合群下的C.siamense,尖孢
[目的]规范和统一小麦幼苗培养方法,减少实验误差,提高不同培养条件下研究结果的可靠性和可比性.[方法]选择当前常用的主要室内培养方法,包括土培、砂培、蛭石培和营养液(Hoagland营养液)培,综合分析不同培养方法对小麦种子发芽、幼苗生长、根系形态数量性状和生理性状的影响.[结果]不同培养条件下,小麦幼苗质量和根系发育存在明显差异.在不同调查分析时期,幼苗株高、出叶速度、单株叶面积、幼苗干重,单株总根长、总根表面积、总根体积、总分枝数,总吸收面积、活跃吸收面积、根系活性以及单株根系生理势的变化均表现为土培
[目的]分析不同浓度聚乙二醇6000(PEG-6000)对玉米萌发特性的影响,为广西抗旱玉米新品种选育提供参考依据.[方法]以玉米品种桂单162为试验材料进行PEG-6000模拟干旱胁迫,测定分析其在不同浓度[0(对照,CK)、5%、10%、15%、20%、25%和30%] PEG-6000溶液处理下的发芽势、发芽率、萌发指数、胚根长、胚芽长、幼苗全长、胚根干重、胚芽干重和贮藏物质运转率等萌发指标.[结果]随着PEG-6000浓度的提高,玉米种子的发芽势、发芽率、萌发指数、胚根长、胚芽长、幼苗全长、胚根干
[目的]探究新垦红壤团聚体的变化特征及其与土壤养分供应的关系,为土壤的培肥改良提供科学依据.[方法]从适量减少化肥投入的角度,以等量替代20%化肥氮为原则,设置不施肥(A)、常规化肥(B)、生物有机肥+80%化肥(C)、精制有机肥+80%化肥(D)、生物有机肥+精制有机肥+80%化肥(E)共5个处理,研究有机类肥料部分替代化肥对团聚体有机碳及其贡献率的影响,解释新垦红壤团聚体的变化特征,揭示土壤养分与团聚体变化之间的关系.[结果]配施有机肥处理较常规施肥处理能明显改善红壤团聚体结构和稳定性.有机替代条件下
[目的]研究脲醛缓释肥料棒对橡胶苗生长和养分吸收的影响,为脲醛缓释肥料棒在橡胶树上应用提供理论依据.[方法]以脲醛氮占总氮的0%、25%、50%、75%的脲醛缓释肥料棒为试验肥料,采用橡胶苗盆栽试验,测定橡胶苗的株高、茎粗、生物量及氮磷钾吸收量.[结果]脲醛氮占总氮50%的脲醛缓释肥料棒处理橡胶苗株高和茎粗均为最大,分别为149.32 cm和17.96 mm,但与常规肥料处理差异不显著.随着脲醛氮占肥料总氮比例的增加,橡胶苗全株生物量、氮磷钾吸收量以及肥料利用率均表现为先增后减,脲醛氮占总氮50%的脲醛缓
[目的]水体污染不仅会影响水质,且会对水体中人体肠道病原微生物的种类组成和数量造成影响.[方法]以安徽阜阳迪沟采煤沉陷区为对象,以合肥市饮用水源地董铺水库为参照系.基于qPCR(实时荧光定量PCR,Quantitative Real-time PCR)技术,探究上覆水和沉积物中5种人体肠道病原菌致病基因(0157:H7型大肠杆菌的eae基因、肠炎沙门氏菌的ttr基因、志贺氏菌的ipaH基因、粪肠球菌的divIVA基因和小肠结肠炎耶尔森菌的ail基因)相对丰度的差异,探讨迪沟采煤沉陷区水域作为饮用水源地的合