翼龙吃什么?迄今发现 的化石大多分布在海相地层里，这表明翼龙应该生活在海岸附近，就好像一些现代水鸟生活在海边。还有一些化石发现与欧洲、美洲与亚洲的陆地层里，也即陆地湖泊积层里。这些地方都距离水源地不远，这就给我们提供了一个可能的生物链——翼龙吃鱼。不过，还有证据似乎表明：翼龙也吃恐龙!
　　
　　对真双型齿翼龙、沛温翼龙、喙嘴龙、翼手龙和无齿翼龙的胃中食物残余物进行的分析证明，它们的最后一餐都是鱼类。比如，在一只真双型齿翼龙的胃里。发现了有着坚硬光亮鳞片的小硬鳞鱼：在一只喙嘴龙的胃里，发现了一条已经消化了一半的小刺骨鱼。
　　实际上，翼龙的头骨和牙齿都表现出适合吃鱼的构造。喙嘴龙的颌骨上长有径直向前的很长的牙齿，能迅速摄住光滑的鱼身。无论是有齿或无齿，许多翼龙的颌骨前端狭尖，侧面呈扁平状，末梢上覆盖有角质喙。颌关节的结构则显示翼龙可以把嘴巴张得很大——颌部肌肉组织由强健的内收肌组成，负责把下颌向上拉动，这对翼龙在飞行中捕食闭合嘴巴至关重要。还可以推测一些翼龙具有喉囊，当它们的嘴巴张开时，喉囊也跟着膨胀张开，就像现生的鹈鹕一样。食物可能储存在喉囊内半消化，等回到窝巢后再吐出来喂食幼儿。
　　当然，翼龙并不仅仅吃鱼。1943年，时任美国纽约自然史博物馆名誉馆长的布朗描述说，一只大型无齿翼龙的胃内食物残余物包括两种鱼类和一种甲壳类动物，这些残余物保存在翼龙的下颌骨附近。看来，当死亡突然降临这只翼龙身上时，这些食物刚好处于它的喉囊位置。
　　翼龙如何捕鱼呢?很可能是当其从水面掠过时，把长长的头部迅速伸入水中，用尖嘴夹住猎物。在捕食过程中，翼龙的嘴尖不时地探入水中，并在水里划过一段距离，以巡捕猎物。许多大型翼龙如脊颌翼龙等，在它们的上下颌处都长有脊状突，这显然有利于它们在探嘴入水捕食过程中劈开水面，减少水压。
　　翼龙可能还有一种捕鱼方式，就是在飞行中用下颌掠过水面，用其狭长的角质喙插入水中捕鱼。比如掠海翼龙，这种翼龙的脑袋线条流畅且窄小，下颌凸出，略长于上颌，其长喙上半部及下颌的组成方式就像剪刀。它们栖息在远古的咸水湖边，一边在水面滑翔，一边用遍布神经的下颌划过水面探测，一旦感到有鱼入口，马上关闭嘴巴。这有点像现生的剪嘴鸥，这是世界上唯一的下喙比上喙长的鸟类，它们觅食时贴着水面飞行，下喙插入水中，上喙在水面上，利用下喙捕鱼。
　　生活在早白垩世的准噶尔翼龙和惊恐翼龙有着自己的地域特色。它们的尖嘴如同钳子一般，牙齿非常强壮，应该具有碾碎能力。这两类翼龙如果不以硬鳞鱼类为食的话，则可能觅食一些软体动物、蜗牛和蟹类。它们很可能先用强有力的牙齿咬碎猎物的坚硬外壳，然后取食里面的肉。这就像现生的岸禽类，它们多半在陆地与水域交界处的湿地上活动，觅食时把长长的嘴巴探进泥里，碰触到食物时再将其夹出。
　　到白垩纪，一些翼龙的进食方式发生了有趣的特化。梳颌翼龙长长的上下颌上长有约260枚又细又长的牙齿，这些牙齿排列紧密，便于从水中滤取甲壳类幼体或者小鱼小虾等食物。最有趣的例子是南翼龙，它的下颌上长有一组刚毛长牙，看上去非常像须鲸类的长须，起着过滤器的作用，而它上弯的上颔就是过滤器的盖子。南翼龙用下颌滤起食物，再用上颁短盹的牙齿碾碎。这些过着滤食生活的翼龙很可能只能站在水中缓慢移动或干脆不动，等小鱼小虾钻进滤器，就像现今生在浅湖、海岸、盐缄湖及潮汐泥滩的红鹋。有一些复原图显示滤食性翼龙在飞行过程中觅食，这是很不负责任的推测，因为如果翼敢在飞行时“拖网”滤水捕食，那么它的下颌会受到相当大的阻力，势必引起飞行失速或脱臼。
　　那些巨型翼龙如风神翼龙又以什么为食呢?这一直是翼龙爱好者关心的问题。曾有人提出，风神翼龙是食腐动物，以恐龙尸体为食。这不太靠谱，因为风神翼龙长长的颈椎决定了它们不可能像现生的秃鹰那样，能自由弯曲脖子取食动物尸体的内脏。冈神翼龙的啄嘴长而尖，像镊子一般，嘴里没有牙齿，这暗示它们可能是鱼食性的。反对者则提出，发现风神翼龙化石的地方距离海岸线至少有400千米，因此风神翼龙可能用它那长长的尖嘴当探‘针，在河漫滩地上啄食软体动物和节肢动物。还有人认为，风神翼龙主要生活在陆地，可以幼年恐龙为食。对上述反对意见目前仍有争议，因为根据空气动力学，400千米的距离对风神翼龙而言是微不足道的，它们应该还是以鱼为食的。
　　还有一类翼龙是吃昆虫的，被称为“从天而降的昆虫猎食者”。就像现生的鸟类吃昆虫一羊，占据中生代空中生态区位的翼龙肯定也会选择捕食昆虫，而目这种空对空攻击模式应该肉非常高效。吃昆虫的翼龙一般都是扁宽嘴的小型翼龙，比如蛙嘴龙、蛙颌翼龙和热河翼龙等，它们的头骨高而短，嘴里长有钉子般的牙齿，展开嘴时活像一张捕虫网，逆风兜过去，必有所获。根据化石研究，在这些翼龙的生活环境里确实有大量高蛋白质的昆虫，包括古蜉蝣、古蜻蜓、古蝉、古甲虫、古蜜和古蛾等。有古生物学家甚至推测，像蛙嘴龙这样的小型翼龙可能一辈子都呆在庞大的植食性恐龙如果龙的背上，以吃这些巨龙身上的昆虫沩生，它们终其一生，在比自己重15万倍的巨怪身上争斗、谋食、繁衍。这有点像现代非洲野牛上的牛津鸟，它们专吃牛身上的寄生虫。而一些长着长长尖嘴和小牙齿的翼龙肯能的沙地觅食，就像现生的矶鹞一样，把长长的啄嘴戳进沙地渝穴里摄取环节蠕虫、小虾装的甲壳和沙蚤。
　　有古生物学家认为，翼龙可能同时也吃植物种子，比如在我国发现的中国翼龙很可能就是食种子的。以种子为食的翼龙往往没有牙齿。有一类无齿的小型翼龙，嘴呈剪刀状，嘴吻与鸟喙一样，都长有角质的喙。从白垩纪开始，被子植物、高等有花植物相继出现，无数的植物种子除了依靠自然力如风、雨传播外。还需要动物的协助。当时鸟类正处于起步阶段，小型翼龙就是生力军，它们吃植物的果实和种子，然后通过排泄粪便来传播种子。
　　还要说的是，翼龙未成年体与成年体的食性可能不同。比如，晚三叠世的真双齿翼龙，其未成年体的牙齿几乎没有磨损，与成年体大不相同，可以推测这些未成年的翼龙可能不是以硬鳞鱼类为食，而是吃昆虫的。