为探索适宜小豆SSR-PCR反应的最佳条件以筛选具有多态性的SSR引物,采用L16（45）正交设计优化影响小豆SSR-PCR反应的5个因素(Mg²⁺浓度、dNTPs浓度、Taq用量、引物浓度、模板DNA用量),利用优化后的SSR-PCR体系,以10份小豆种质为模板,对80对小豆（50对）和绿豆（30对）的SSR引物进行多态性筛选,得出小豆SSR-PCR的最佳反应体系（20μL）:Mg²⁺浓度2.5 mmol/L,dNTPs浓度1.0 mmol/L,Taq活性1.5 U,引物浓度0.6μmol/L,模板DNA用量30 ng。利用优化后的体系在小豆和绿豆引物中筛选出31对条带清晰、多态性丰富、重复性好的SSR引物,有效扩增率为38.75%。小豆SSR-PCR优化体系的建立及多态性引物的筛选为进一步开展小豆遗传育种研究奠定了基础,为小豆遗传多样性分析和遗传图谱库构建等研究提供了技术参数和理论依据。