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白乃庙铜矿赋存于中浅变质的中元古界白乃庙组基性一中酸性海相火山岩系中。矿床地质特征和同位素地球化学以及成矿流体研究表明，该矿床曾经历与海相火山喷发相伴的金属矿化和斑岩矿化两个矿化期。早期矿化发生于中元古代晚期，形成含铜矿源层；晚期矿化发生于志留纪，使矿床最终形成。该矿床应属多因复成的层控型矿床。