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生物信息学中，发现、鉴别新基因是承上启下的一步，它既承接了过往如“基因组测序”的工作，又是未来“后基因时代”研究的基石．“基因电脑克隆”是利用计算手段发现、鉴别新基因的方法，SiClone软件实现了“基因电脑克隆”功能．本文对SiClone软件操作的数据库提出并行处理方案，并详述了基于MPI（message passing interface）平台实现的并行优化版本PSiClone．根据已得到的EST数据库，展示了软件并行版PSiClone的运行性能，试验数据库EST序列条数仅仅是NCBI（The Nat