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当前，我国正处在全面深化改革、实现中国梦的关键时期和攻坚时期，科技在经济社会发展中的作用日益凸显，新科技革命和全球产业变革步伐加快，我国科技发展既面临重大机遇，也面临严峻挑战，尤其是体制机制上的障碍仍然突出。主要表现为“三不”：科技与经济结合不紧密，产学研用结合的机制尚未系统确立；科技投入与成果产出不对称，科技资源配置呈现的分散、重复、封闭、低效等问题突出；科技评价机制不科学，科研诚信和创新文化建设薄弱，等等。这些问题已成为制约科技创新的重要因素，影响我国综合实力和国际竞争力的提升。新一轮科技体制改革应本着统筹协调、突出重点、遵循规律、务求实效的原则，在体制机制方面的改革中着力处理好以下三对关系的问题。
处理好科技与经济的协同问题
我国科技体制改革从1985年开始，历经了“科学的春天”、“科教兴国”、“建设创新型国家”、“创新驱动”等多次重大战略调整和变革，取得了诸多进展和成就，但科技与经济“两张皮”问题依然凸显，科技进步与经济发展脱节导致经济实力与科技竞争力不相称。因此，应坚持把科技与经济紧密结合作为我国深化科技体制改革的中心任务，协同推进科技和经济两个方面的改革。
建立企业主体化的技术创新体系。进一步发挥企业在技术创新决策、科研组织和成果转化中的主体作用，产业目标明确的重大科技项目由有条件的企业牵头组织实施，国家、省重点建设的工程技术类研究中心和实验室，优先在具备条件的行业骨干企业布局，有效引导资金、技术、人才等创新要素真正向企业汇聚。进一步改进和完善相关政策和措施，切实确立企业在技术创新中的主体地位，加紧落实企业研发费用税前加计扣除政策，改进企业研发费用计核方法，加大企业研发设备加速折旧等政策的落实力度；建立健全国有企业技术创新的分类绩效考核制度，加大国有资本经营预算对自主创新的支持力度；加大对中小企业、微型企业技术创新的财政和金融支持。
建立产学研一体化的创新战略联盟。科研院所和高等学校要提高知识创新能力，更多地为企业技术创新提供支持和服务，促进产学研用的紧密结合，满足战略性新兴产业发展和传统产业改造升级的需求。行业骨干企业要主动与科研院所、高等学校联合组建技术研发平台和产业技术创新战略联盟，合作开展核心关键技术研发和相关基础研究，联合培养人才，共享科研成果。充分发挥高等学校的基础和生力军作用，努力推进科技与教育相结合的系统性改革，建立以服务需求和提升创新能力为导向的科技服务体系，定期对学科专业实行动态调整，大力探索与产业需求相结合的人才培养模式。
建立科技与经济协同化的商业创新模式。首先，以商业模式的创新为切入点。完整的技术创新活动是一个从技术到产品再到市场应用和产业化的过程，但由于体制机制原因，我国科技进步后的商业模式缺位问题一直没有很好地解决。近年来我国在云计算、物联网、新能源、新材料等战略性新兴产业领域涌现了一大批高技术成果，但同时开发出完整商业运行模式的企业却屈指可数。其次，以战略性新兴产业的科技支撑为结合点。我国科技与经济“两张皮”的问题，既有科技系统自身体制的原因，也有在全球低端制造平台位置上创新要素需求不旺，导致缺乏有效结合的原因。战略性新兴产业既代表未来社会的产业方向，也代表了科技创新的前沿方向，应该成为科技与经济有机结合的最佳发力点。
处理好科技投入与成果产出的对称问题
近年来，由于缺乏科技资源投入的集约优化和宏观协调，科技投入和成果产出不相称，科技资源配置中“分散、重复、封闭、低效”等问题还比较突出。科研绩效问题突出表现为：科研人员人力多，但人均科研成果产出较少；论文数量多，但高引频次论文较少；专利数量多，但核心专利较少；科研创新模仿和跟跑多，但原创和领跑较少。为此，应全面深化科技管理制度改革，加强科技投入与产出的绩效管理。
加强科技资源的有效配置。在组织架构上，加强顶层设计和统筹协调，整合多家科技计划管理部门职能，统一设立专门决策咨询机构和联席会议制度，重点解决条块分割、政出多门、科技计划“碎片化”等问题。在项目管理上，切实纠正项目工作中行政干预过度的弊端，政府部门不应直接管理具体项目，而应统一交由专业机构负责，政府则重点管宏观、管规划、管布局和管监督。在资源配置上，发挥市场对技术研发方向、路线选择、要素价格、各类创新要素配置的导向作用，除少数战略性、基础性、公益性项目需要政府直接配置资源外，有关技术开发性研究项目尽量交给市场。在管理平台上，加快推动公共科技资源整合和共享，建立国家科技管理信息系统，推进科技计划（专项）信息的互联互通。
加强科技经费的绩效管理。进一步改进竞争性经费和稳定性支持经费的资助机制，加强分类指导，优化经费投入结构，既要防止经费投入的“马太效应”，也要防止“撒胡椒面”。进一步改进科研人员的收入分配制度和激励机制，切实提高科研人员的工资待遇水平，探索教师和科研人员年薪制改革试点。进一步加强对法人单位科研经费使用情况的评估监督，健全符合科研规律的科技项目经费管理机制和审计方式，严格科技财务制度，依法查处违法违规行为。进一步加强科技经费管理使用的综合绩效评价，健全科技项目管理问责机制，依法公开问责情况，提高资金使用效益。
加强科技成果的市场转化。建立行之有效的知识产权保护制度，让重大技术发明者获得较大收益，让侵权、模仿、造假行为付出沉重代价，设立知识产权法院，从严从快受理、查究知识产权案件。探索技术、知识资本化制度，落实科技人员成果转化的股权、期权激励和奖励等收益分配政策，完善科研成果的收益权和处置权归属问题。着力建设孵化器和科技中介服务机构，建立社会科技需求报告和社会技术成果报告制度，推动科技成果双向交流。加大对新技术新工艺新产品应用推广的支持力度，研究采取以奖代补、贷款贴息、创业投资等多种形式，完善和落实促进新技术新产品应用的需求引导政策。
处理好科技评价与创新文化的耦合问题
现行相对单一的科技评价标准普遍存在重数量轻质量、重经费轻水平、重产出轻应用、重短期轻长远、重成果轻人才等一系列问题，以致创新活动目标异化和行为扭曲，滋生学术腐败等不良风气。此外，现行“短平快”的评价模式、行政化倾向及评价程序的日益烦琐，严重压抑了科研主体的创新激情。我国科技评价中出现的这些问题，必将直接影响着创新文化的塑造。因此，创新文化的修复和建设也是繁重而紧迫的任务，科技体制改革也必须涉及深层次的文化层面。
构建多元的科技评价模式。根据不同类型科技活动特点，注重科技创新质量和实际贡献，制定导向明确、激励约束并重的评价标准。建立评价专家责任制度和信息公开制度，完善国家科技重大专项监督评估制度，发挥科技社团在科技评价中的作用。探讨多元化的评价方法，引入文献计量分析、经济回报率分析、业内评价分析、回顾式检验分析和定量指标分析方法，减少单一评价对投入和产出的局限认识。
完善科学的科技奖励制度。提高奖励质量，减少数量，逐步取消层层设奖做法，适当延长报奖成果的应用年限，重点奖励重大科技贡献和杰出科技人才，强化对青年科技人才的奖励导向。根据不同奖项的特点完善评审标准和办法，逐步减少由政府部门组织的奖励评审，尝试引入学科协会组织等第三方组织评奖，鼓励社会力量设奖。科技奖励与职务晋升、职称评级、加薪等福利挂钩要慎重对待，适可而止。
培育浓郁的创新文化氛围。建立健全科研活动行为准则和规范，加强科研道德和科学伦理教育，强化科技人员的学术意识和社会责任。加强科研诚信的社会监督，扩大公众对科研活动的知情权和监督权，加强国家科研诚信制度建设，建立科技项目诚信档案，加大对学术不端行为的惩处力度。科技工作者要自觉践行社会主义核心价值观，大力弘扬科学精神，管理部门要保障学术自由，营造宽松包容、奋发创新的学术氛围，要打破学术壁垒，建立健全共享合作的学术文化生态。
处理好科技与经济的协同问题
我国科技体制改革从1985年开始，历经了“科学的春天”、“科教兴国”、“建设创新型国家”、“创新驱动”等多次重大战略调整和变革，取得了诸多进展和成就，但科技与经济“两张皮”问题依然凸显，科技进步与经济发展脱节导致经济实力与科技竞争力不相称。因此，应坚持把科技与经济紧密结合作为我国深化科技体制改革的中心任务，协同推进科技和经济两个方面的改革。
建立企业主体化的技术创新体系。进一步发挥企业在技术创新决策、科研组织和成果转化中的主体作用，产业目标明确的重大科技项目由有条件的企业牵头组织实施，国家、省重点建设的工程技术类研究中心和实验室，优先在具备条件的行业骨干企业布局，有效引导资金、技术、人才等创新要素真正向企业汇聚。进一步改进和完善相关政策和措施，切实确立企业在技术创新中的主体地位，加紧落实企业研发费用税前加计扣除政策，改进企业研发费用计核方法，加大企业研发设备加速折旧等政策的落实力度；建立健全国有企业技术创新的分类绩效考核制度，加大国有资本经营预算对自主创新的支持力度；加大对中小企业、微型企业技术创新的财政和金融支持。
建立产学研一体化的创新战略联盟。科研院所和高等学校要提高知识创新能力，更多地为企业技术创新提供支持和服务，促进产学研用的紧密结合，满足战略性新兴产业发展和传统产业改造升级的需求。行业骨干企业要主动与科研院所、高等学校联合组建技术研发平台和产业技术创新战略联盟，合作开展核心关键技术研发和相关基础研究，联合培养人才，共享科研成果。充分发挥高等学校的基础和生力军作用，努力推进科技与教育相结合的系统性改革，建立以服务需求和提升创新能力为导向的科技服务体系，定期对学科专业实行动态调整，大力探索与产业需求相结合的人才培养模式。
建立科技与经济协同化的商业创新模式。首先，以商业模式的创新为切入点。完整的技术创新活动是一个从技术到产品再到市场应用和产业化的过程，但由于体制机制原因，我国科技进步后的商业模式缺位问题一直没有很好地解决。近年来我国在云计算、物联网、新能源、新材料等战略性新兴产业领域涌现了一大批高技术成果，但同时开发出完整商业运行模式的企业却屈指可数。其次，以战略性新兴产业的科技支撑为结合点。我国科技与经济“两张皮”的问题，既有科技系统自身体制的原因，也有在全球低端制造平台位置上创新要素需求不旺，导致缺乏有效结合的原因。战略性新兴产业既代表未来社会的产业方向，也代表了科技创新的前沿方向，应该成为科技与经济有机结合的最佳发力点。
处理好科技投入与成果产出的对称问题
近年来，由于缺乏科技资源投入的集约优化和宏观协调，科技投入和成果产出不相称，科技资源配置中“分散、重复、封闭、低效”等问题还比较突出。科研绩效问题突出表现为：科研人员人力多，但人均科研成果产出较少；论文数量多，但高引频次论文较少；专利数量多，但核心专利较少；科研创新模仿和跟跑多，但原创和领跑较少。为此，应全面深化科技管理制度改革，加强科技投入与产出的绩效管理。
加强科技资源的有效配置。在组织架构上，加强顶层设计和统筹协调，整合多家科技计划管理部门职能，统一设立专门决策咨询机构和联席会议制度，重点解决条块分割、政出多门、科技计划“碎片化”等问题。在项目管理上，切实纠正项目工作中行政干预过度的弊端，政府部门不应直接管理具体项目，而应统一交由专业机构负责，政府则重点管宏观、管规划、管布局和管监督。在资源配置上，发挥市场对技术研发方向、路线选择、要素价格、各类创新要素配置的导向作用，除少数战略性、基础性、公益性项目需要政府直接配置资源外，有关技术开发性研究项目尽量交给市场。在管理平台上，加快推动公共科技资源整合和共享，建立国家科技管理信息系统，推进科技计划（专项）信息的互联互通。
加强科技经费的绩效管理。进一步改进竞争性经费和稳定性支持经费的资助机制，加强分类指导，优化经费投入结构，既要防止经费投入的“马太效应”，也要防止“撒胡椒面”。进一步改进科研人员的收入分配制度和激励机制，切实提高科研人员的工资待遇水平，探索教师和科研人员年薪制改革试点。进一步加强对法人单位科研经费使用情况的评估监督，健全符合科研规律的科技项目经费管理机制和审计方式，严格科技财务制度，依法查处违法违规行为。进一步加强科技经费管理使用的综合绩效评价，健全科技项目管理问责机制，依法公开问责情况，提高资金使用效益。
加强科技成果的市场转化。建立行之有效的知识产权保护制度，让重大技术发明者获得较大收益，让侵权、模仿、造假行为付出沉重代价，设立知识产权法院，从严从快受理、查究知识产权案件。探索技术、知识资本化制度，落实科技人员成果转化的股权、期权激励和奖励等收益分配政策，完善科研成果的收益权和处置权归属问题。着力建设孵化器和科技中介服务机构，建立社会科技需求报告和社会技术成果报告制度，推动科技成果双向交流。加大对新技术新工艺新产品应用推广的支持力度，研究采取以奖代补、贷款贴息、创业投资等多种形式，完善和落实促进新技术新产品应用的需求引导政策。
处理好科技评价与创新文化的耦合问题
现行相对单一的科技评价标准普遍存在重数量轻质量、重经费轻水平、重产出轻应用、重短期轻长远、重成果轻人才等一系列问题，以致创新活动目标异化和行为扭曲，滋生学术腐败等不良风气。此外，现行“短平快”的评价模式、行政化倾向及评价程序的日益烦琐，严重压抑了科研主体的创新激情。我国科技评价中出现的这些问题，必将直接影响着创新文化的塑造。因此，创新文化的修复和建设也是繁重而紧迫的任务，科技体制改革也必须涉及深层次的文化层面。
构建多元的科技评价模式。根据不同类型科技活动特点，注重科技创新质量和实际贡献，制定导向明确、激励约束并重的评价标准。建立评价专家责任制度和信息公开制度，完善国家科技重大专项监督评估制度，发挥科技社团在科技评价中的作用。探讨多元化的评价方法，引入文献计量分析、经济回报率分析、业内评价分析、回顾式检验分析和定量指标分析方法，减少单一评价对投入和产出的局限认识。
完善科学的科技奖励制度。提高奖励质量，减少数量，逐步取消层层设奖做法，适当延长报奖成果的应用年限，重点奖励重大科技贡献和杰出科技人才，强化对青年科技人才的奖励导向。根据不同奖项的特点完善评审标准和办法，逐步减少由政府部门组织的奖励评审，尝试引入学科协会组织等第三方组织评奖，鼓励社会力量设奖。科技奖励与职务晋升、职称评级、加薪等福利挂钩要慎重对待，适可而止。
培育浓郁的创新文化氛围。建立健全科研活动行为准则和规范，加强科研道德和科学伦理教育，强化科技人员的学术意识和社会责任。加强科研诚信的社会监督，扩大公众对科研活动的知情权和监督权，加强国家科研诚信制度建设，建立科技项目诚信档案，加大对学术不端行为的惩处力度。科技工作者要自觉践行社会主义核心价值观，大力弘扬科学精神，管理部门要保障学术自由，营造宽松包容、奋发创新的学术氛围，要打破学术壁垒，建立健全共享合作的学术文化生态。