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分子遗传标记在农业动植物育种和生产上得到了广泛的应用,且取得了可喜的成果,但在水生生物上的应用还处于初始阶段.本文简要介绍了限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、小卫星DNA和微卫星DNA(或称简单序列重复,SSR)等分子标记的概念、基本原理及其特点,重点介绍了第三代分子标记单核苷酸多态性(SNP)技术.综述了这些分子标记在海洋动物遗传结构分析、亲缘关系鉴定、遗传图谱的构建和标记辅助育种等方面的应用.