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北京地区番茄病毒病的主要毒原种类有番茄花叶病毒（ＴｏＭＶ）、黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）、马铃薯Ｘ病毒（ＰＶＸ）、马铃薯Ｙ病毒（ＰＶＹ）、烟草蚀纹病毒（ＴＥＶ）和苜蓿花叶病毒（ＡＭＶ），分别占样本的６５．２％、３０．１％、６．８％、２．５％、１．３％和１．２％。保护地及春露地番茄生长前期主要受ＴｏＭＶ的侵染，５月底以后ＣＭＶ的为害显著加重，甚至造成夏番茄绝产。番茄上ＣＭＶ可划分为４个株系，即轻花叶株系、重花叶株系、坏死株系及黄化株系。分别占分离物的２３．５％、６４．７％、５．９％和５．９％。