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根据《中国植物红皮书》(第1册)和《国家重点保护野生植物资源名录》，白马山自然保护区有珍稀濒危植物共计37科44属49种(不重复计算，包括归化种)，其中蕨类植物3科3属3种，裸子植物6科6属7种，被子植物28科35属39种，占四川省珍稀濒危植物总数的46．67％，占全国珍稀濒危植物总种数的12．63％．按生活型划分有木本植物29种，草本20种．本区珍稀濒危植物具有古老孑遗性，单型科(属)、少型属占绝大多数，中国特有属比例较大，占总属22．73％．白马山自然保护区也是银杉生态研究的理想基础。