基于“块—单元”数据结构的分子动力学并行计算

来源 :计算物理 | 被引量 : 0次 | 上传用户：einsun007

【摘要】

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开发了一种基于"块-单元"数据结构的可扩展并行算法,以实现大规模、非均匀分子动力学模拟.它采用空间填充曲线将三维区域分解转换为-维负载平衡问题,然后用基于实测的多层均

【作者】

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曹小林莫则尧张景琳陈其峰

【机构】

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北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心

【出处】

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计算物理

【发表日期】

：

2004年5期

【关键词】

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数据结构可扩展并行计算 CPU 负载均衡加速比并行算法一维分子动力学模拟求解 molecular dynamics cell-block data

【基金项目】

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国家自然科学基金，中国工程物理研究院重点项目

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开发了一种基于"块-单元"数据结构的可扩展并行算法,以实现大规模、非均匀分子动力学模拟.它采用空间填充曲线将三维区域分解转换为-维负载平衡问题,然后用基于实测的多层均权法求解,以保持处理机间负载均衡.在一个MPP并行机的500个CPU上,模拟包含2.1×108个粒子的三维金属微喷射模型,该算法获得了420倍的加速比.

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