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对恐怖主义犯罪的调查程序面临着保障国家安全与保障公民个人权利、行政权与司法权、实体正义与程序正义的价值冲突,在立法和司法实践中必须对以上三种冲突予以平衡。尤其要重视为过度构建保障国家安全而导致行政调查权力的扩张滥用、实体正义凌驾于程序正义之上,以及忽略司法权对人权保障的救济机制等问题的出现。