目的分析九寨沟县住院患者疾病谱,了解山区农牧民健康状况和卫生服务需求,为相关卫生部门提供政策依据。方法基于2009-2014年九寨沟县新农合参合数据,用秩和比法、秩相关系数和帕累托图,分析疾病构成。结果2009-2014年当地居民卫生服务需求呈现上升趋势,外地超过本地住院的增长速度。疾病构成在6年间一致,其中上呼吸道感染(22.11%)、急性支气管炎(11.97%)、急性扁桃体炎(6.20%)、肺炎(2.56%)和剖腹产单胎分娩(2.14%)为前5位单病种疾病;呼吸系统(50.92%)、消化系统(13.65%)、损伤中毒和外因(7.60%)以及泌尿生殖系统疾病(7.57%)为前4位系统疾病。九寨沟县与四川省县级平均疾病构成一致(rs=0.832,P<0.05)。当农牧民患复杂疾病时,较少受报销政策的影响,仍会选择县外诊疗。结论影响居民健康主要为呼吸系统、消化系统、损伤中毒和外因以及泌尿生殖系统疾病。本地医疗机构应提高泌尿生殖系统、肿瘤及消化系统疾病的诊疗水平;外地就医可能对当地居民带来经济负担,新农合报销政策应根据当地居民实际需求对补偿比例给予灵活调整。