目的:通过高通量测序研究肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者基因表达谱数据，应用生物信息学方法挖掘肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者的共同信号通路，筛选两对比组共同的差异mRNA。方法:收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月至2019年12月肺腺癌合并肺栓塞、单纯肺腺癌、单纯肺栓塞及健康体检者外周血(每组4例，共计16例)，采用RNA测序技术检测16例入组人群的基因表达谱数据，将肺腺癌合并肺栓塞组与单纯肺腺癌组基因表达谱数据作为一个数据集，单纯肺栓塞组及健康对照组的基因表达数据为另一个数据集。经R语言筛选两数据集的差异表达基因，并经Excel软件取交集，获得两对比组共同差异mRNA。并通过基因本体(GO)注释分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析筛选两对比组共同的功能聚类及信号通路。结果:肺腺癌合并肺栓塞组对比肺腺癌组、肺栓塞组对比健康对照组的共同差异mRNA有14个，其中上调10个，下调4个，差异最明显的下调mRNA是溶质载体家族9成员3(SLC9A3)；GO分析表明两对比组均与细胞生物过程、补体反应、炎性反应等相关，KEGG通路分析表明两对比组的共同富集的通路包括补体和凝血级联、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。结论:显著下调的差异mRNA SLC9A3或可作为肺腺癌合并肺栓塞的生物标志物。肺腺癌合并肺栓塞的发生可能涉及补体反应、炎性反应等分子功能，也可能与补体和凝血级联、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、NF-κB信号通路等相关。