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临床微生物实验室中各种试剂和培养基的质量验证、鉴定和药敏结果的准确性验证等室内质量控制需要各种标准菌株；由于抗生素的大量使用，耐药菌株的不断出现，更需要临床分离菌株来研究细菌耐药性的变迁和各种耐药机制，因此菌种保存显得越来越重要。而目前使用的较为广泛的主要有2种保存方式，一是对细菌进行分类存放，即对冰箱预先进行分区，每一区对应一种细菌，并标明该细菌名字，如肺炎克雷伯菌放人肺炎克雷伯菌对应的区域，该方法可方便查找特定细菌，也有利于各种细菌数量的统计，缺点是临床细菌种类较多，且分离到的各种细菌的概率不同，不利