水温是重要的水文指标。气候变化和人类活动加剧背景下，水温变化已成为威胁全球水生态系统的重要因素。长江上游开发了世界上规模最大的梯级水库群，然而目前关于梯级水库和气候变化对下游水温及水生态的耦合影响仍不清楚。本文基于长江宜宾-重庆段长序列水温和气象资料，解析了气象因子和金沙江梯级水库对下游水温的影响，评估了长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区重要鱼类适宜产卵时间对水温变化的响应，结果表明：研究河段近30年年平均水温显著增高，增幅约为0.5～1.1℃；向家坝-溪洛渡水库蓄水后向家坝站、朱沱站和寸滩站年水温过程平均滞后约36、13和7 d，蓄水后下游河段春季“滞冷”效应明显，秋冬季“滞热”效应明显，各水文站旬平均水温最大增加和降低幅度分别为1.8～3.7℃和1.3～3.6℃，“滞热”程度大于“滞冷”程度；年内不同月份水温变化主要由梯级水库蓄水引起，年际间平均水温变化主要由气候变化引起；蓄水后向家坝站附近水温达到重要鱼类适宜产卵水温时间延迟了30～40 d，蓄水对达到重要鱼类适宜产卵水温的时间延迟程度为：黑尾近红鲌＞长薄鳅、圆口铜鱼、岩原鲤＞中华金沙鳅＞长江鲟＞胭脂鱼，且不同鱼类间生态位的重叠程度增加。研究结果可为减缓水电开发对水生生态的影响提供基础支撑。