【摘 要】
：
为揭示辣椒基因组密码子偏性形成的影响因素,了解密码子偏性对基因表达的影响,以辣椒基因组和转录组数据为研究内容,利用CodonW和EMBOSS等软件对基因组密码子使用偏性进行分析.分析结果显示,辣椒编码基因平均GC含量为42.27％,偏好A/T作为密码子的第3位核苷酸,基因平均ENC值偏大;GC3与GC12相关性较弱,大部分基因远离ENC-plot曲线,近50％的基因ENC比值分布在GC3s的0.05～0.15组中;发现21个最优密码子,均以T、A或G结尾,大部分最优密码子在组织器官表达数据中得到验证.表明
【机 构】
：
云南曲靖师范学院生物资源与食品工程学院/云南省高校特色果酒技术创新与应用工程研究中心,云南曲靖655011
论文部分内容阅读
为揭示辣椒基因组密码子偏性形成的影响因素,了解密码子偏性对基因表达的影响,以辣椒基因组和转录组数据为研究内容,利用CodonW和EMBOSS等软件对基因组密码子使用偏性进行分析.分析结果显示,辣椒编码基因平均GC含量为42.27％,偏好A/T作为密码子的第3位核苷酸,基因平均ENC值偏大;GC3与GC12相关性较弱,大部分基因远离ENC-plot曲线,近50％的基因ENC比值分布在GC3s的0.05～0.15组中;发现21个最优密码子,均以T、A或G结尾,大部分最优密码子在组织器官表达数据中得到验证.表明辣椒基因密码子使用偏性较低,除碱基突变外,较多地受到物种进化和人工选择等因素的影响.研究结果可为辣椒的分子进化和遗传育种研究提供理论依据.
其他文献
基于“云班课”BOPPPS教学模式,是一种利用移动网络信息化平台改造线下课堂的线上线下混合式教学模式,有效拓展了职业教育课堂的时间和空间,很好地体现了“以学习者为中心”的教学理念.以园艺植物病虫害防治课程为例,结合实际情况,将BOPPPS模式与“云班课”进行有效结合,在课前利用“云班课”,将前测提到课前线上完成,既节约了课堂学习时间,更为“以学定教”提供数据支撑,充分体现了“以学习者为中心”的教学理念,为信息化教学模式职业教育课堂改革提供参考和经验借鉴.
本研究从徐稻3号群体中获得1个可稳定遗传的白化转绿自然突变体al14,与野生型相比,突变体al14出苗后白化,三叶期后转绿,白化叶的叶绿素含量显著降低.整个生育期除抽穗期和株高外,其他农艺性状和野生型无显著差异.经透射电镜观察,白化叶片中大部分叶绿体发育异常,类囊体膜数量变少,片层结构松散;遗传分析结果表明,该白化转绿突变性状由1对隐形核基因控制.利用突变体al14/9311的F2群体中白化表现明显个体精细定位,最终将突变基因al14定位到第1染色体短臂标记al14-3和al14-10之间,物理距离为10
从江苏省徐淮地区7个采集地的甘薯块根中分离到7个甘薯茎线虫群体,通过形态学鉴定,其特征与已报道的腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)基本一致.利用rDNA-内转录间隔区(ITS)通用引物、腐烂茎线虫特异性引物检测,发现群体JSXZ为B(L)型,其余6个分离群体均为A(S)型腐烂茎线虫.结合ITS-5.8S-ITS2区序列分析并构建系统发育树,结果进一步表明,所获序列与腐烂茎线虫相似性最高,且各分离群体与徐淮地区已报道的相同基因型的腐烂茎线虫群体序列相似性均在99％以上.群体JSXZ没
为揭示噻虫嗪对水稻内生细菌群落的影响,采用Illumina HiSeq高通量测序技术对室内盆栽的水稻根、茎、叶内生细菌进行16S rRNA测序.获得用于分析的686 889条优质序列和265个操作分类单元(OTU).通过α多样性分析发现,土壤噻虫嗪处理对根中内生细菌群落多样性影响显著,对茎、叶影响不明显.在属水平上对代表性OTU进行注释,发现水稻各器官中内生细菌组成受噻虫嗪的影响明显,表明噻虫嗪对水稻内生细菌组成结构影响显著.水稻各器官中内生细菌群落组成与噻虫嗪残留浓度有一定相关性,在水稻茎、叶中,相比于
为明确Zn2(Ⅱ)Cys6型转录因子UvZC1在稻曲病病菌中的功能,利用CRISPR-Cas9结合同源片段双交换的方法,诱导野生型菌株Jt209发生UvZC1基因缺失突变.结果显示,与Jt209相比,UvZCI基因缺失突变体的生长速率和分生孢子量均显著下降,且突变体中部分与稻曲病病菌其他产分生孢子相关基因表达量发生变化;此外,该基因的缺失导致突变体对十二烷基硫酸钠(SDS)更敏感,而对氧化胁迫的耐受性增强;在稻曲病病菌接种水稻后24 h、48 h的侵染早期,UvZC1基因的表达量明显上升,但基因缺失突变体
利用CodonW软件分析苜蓿质膜内在蛋白编码基因(MsPIPs)的密码子组成,发现它们的密码子在碱基使用中存在偏倚,偏好使用以T/A结尾的密码子,其中T结尾的密码子出现频率为47％.MsPIPs密码子的平均有效密码子数(ENC)为45.47个,偏好性较弱.通过主成分分析(PCA)、对应性分析(COA)、偏倚分析(PR2)、有效密码子数分析(ENC plot)和中性分析等多重分析方法对苜蓿MsPIPs密码子偏好性的成因进行分析,发现苜蓿MsPIPs的偏好性主要受自然选择的影响.
针对草坪杂草图像前景与背景灰度相近导致图像前景难以识别的问题,本研究提出一种基于局部密度的Retinex增强算法.首先,为了突出图像前景,平滑杂乱背景,利用局部方差对图像进行预处理.其次,为了更准确地得到所需部分像素的空间信息,利用多阈值分割和开运算差分将像素分为前景、背景和待细分像素3类,利用局部密度提取待细分像素的空间信息.最后,为了融合局部密度信息,采用Sigmoid函数优化反射分量灰度变换系数,得到增强图像.结果表明,本研究算法增强效果良好,能有效扩大杂草与草坪草的灰度差,抑制背景噪声,峰值信噪比
以陇藜4号、Z4、青藜、蒙4、蒙5等5个品种(系)藜麦为试验材料,研究藜麦的光合性能、非结构性碳水化合物含量及其与产量的关系.分别在分枝期、现穗期、开花期、灌浆期、成熟期测定中上部叶片的净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、胞间CO2浓度(Ci)、蒸腾速率(Tr)、叶片水分利用效率(WUE)、叶绿素含量以及非结构性碳水化合物含量,成熟后测定产量.结果表明,5个品种(系)藜麦的产量存在显著差异,陇藜4号的产量最高.藜麦叶片的Pn、Gs、Tr、WUE随生育进程推进均呈先上升后下降的趋势,Ci与叶绿素含量在整个
针对现有k-means聚类图像分割方法存在对初始聚类中心敏感、易错分割以及运行时效低等问题,提出了一种基于统计直方图k-means聚类的水稻冠层图像分割方法.该方法首先根据图像直方图蕴含的像素数量先验信息,选择像素数量差异较大的像素值作为水稻冠层图像的初始聚类中心;然后再利用图像直方图中像素值与图像像素数量的先验对应关系,对水稻冠层图像聚类目标函数权值化;最后依据k-means聚类框架对水稻冠层图像进行聚类分割.为了验证本方法的有效性,分别同基于k-means、k-means++、k-mc2、afk-mc
叶斑病是绿豆生产上主要的真菌性病害,利用抗性品种是防治该病害最经济、安全、有效的途径.为筛选抗病资源,根据抗性基因VrTAF5的突变位点,利用五引物扩增受阻突变体系(Penta-primer amplification refrac-tory mutation system,PARMS)开发分子标记.并利用抗病性具有差异的164份绿豆资源对所开发的分子标记的可靠性进行检验和评价.结果表明,VrTAF5-1517分子标记在7个分子标记中的检出率最高,基因分型为AA、AC、CC,可以有效区分基因碱基序列的SN