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目的：分析螺旋CT三维重建在基层医院诊断复杂性肛瘘诊断的应用效果。方法：86例复杂性肛瘘患者随机分为观察组45例和对照组41例，对照组采用常规CT检查诊断，观察组采用多层螺旋CT扫描三维重建诊断，比较两组患者图像质量优良率及复杂性肛瘘检出准确率。结果：观察组图像质量优良率及复杂性肛瘘检出准确率均显著高于对照组（P<0.05）。结论：螺旋CT三维重建技术能显著降低复杂性肛瘘漏诊率，为临床手术方案制定提供诊断依据，是一种理想的检查方法。