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协同创新的开展和深化对于大学治理在利益主体结构、学科交叉融合、社会力量支持、协同体制机制等多方面产生重要影响,促使大学更加自觉和更为积极地适应和顺应协同创新平台建设,提升和优化大学治理的能力和水平。协同创新本质上是一种管理创新,在协同创新的引领下,在大学治理中,学科制作为大学内部业务单元建构的基础将得到重塑;协同性更加成为大学内部管理的典型特征和重要属性;大学治理的民主与效能之间的矛盾将越发突出。需要强化以善治为导向的大学治理变革,并以基层创新实践为基础、以信息共享系统为保障、以顶层制度设计为引领,维系和加强其系统性、协调性和针对性,其中加强文化软实力建设、资源支撑力建设、战略统筹力建设尤为关键。