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目的了解2014-2016年锦州地区手足口病的病原体分布情况,为手足口病诊断、治疗及防制工作提供依据。方法收集539例手足口病的患儿咽拭子和粪便标本,用实时荧光定量PCR法对病毒进行分型。结果共检测手足口病例标本539份,肠道通用病毒（EV）阳性495份,其中EV71阳性42份（占8.48%）,Cox A16阳性300份（占60.61%）,其他肠道病毒阳性153份（占30.91%）,三年间肠道病毒阳性率差异无统计学意义（χ~2=0.425,P﹥0.05）;539份样本中咽拭样本阳性率91.70%（486/