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实地鱼类资源考察、检视鱼类标本以及参考鱼类分类、分布文献表明,秦岭生态保护区现有鱼类7目16科79属共141种（亚种）。物种多样性G-F指数的比较分析显示,和秦岭其他区域相比,秦岭生态保护区鱼类的物种多样性最高：区内不同水系之间相比,则汉江水系最高。利用β多样性指数和Jaccard相似性系数对秦岭生态保护区4条水系的鱼类多样性进行分析,结果显示区内鱼类分布南北差异明显;南坡的3条水系中,南洛河水系和嘉陵江水系鱼类生境相似程度较高,鱼类种、属分化、隔离程度较低,而与汉江水系的生境差异显著,鱼类种属分化、隔离