在21世纪新时代发展背景下,全球经济发展制度早已发生转变,我国事业单位的财政建设、人力培养等等都已发生了改变,事业单位的内部控制意识已经逐渐形成,提升事业单位的管理意识十分重要,这对于企业或事业单位的整体性建设至关重要。我国的科研事业单位内部控制制度十分薄弱,鲜少有单位会有完善的内部控制制度,更别提内部控制审计等体系的建设了。科研事业单位的管控水平不仅与单位财政管理息息相关,更与工作效率、人力资源、企业文化等等密切相关,故而我国科研事业单位风险隐患接连不断,科研经费等总是出现漏洞,经费挪用等现象屡见不鲜。因而本文将从目前企业中普遍存在的内部控制问题入手,介绍科研事业单位内部控制所存在的隐患,并对如何在科研事业单位建立起相对完善的内部控制制度进行探索,希望能对我国科研事业单位的建设有所帮助。