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药物遗传学的研究为揭示基因差异带来的不同个体之间的不同药物反应，以及如何利用这些信息来推进药物的安全性和有效性奠定了基础。但是，特定的药物反应并不仅与基因类型，还与环境因素有关，如营养状况、合并药物治疗、基础疾病、年龄等。Nicholson等指出个体化用药对于许多的疾病而言，不能仅仅建立在遗传学基础之上。