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内陆城市群与沿海地区相比，在自然资源和区域文化、中心城市经济结构、对外开放水平等方面具有特殊性，且影响了产业集群的发育层级。内陆城市群产业集群的三种模式即传统产业型集群、新兴产业型集群、产学研衍生型集群，目前都面临技术创新、制度创新、主导产业创新和文化创新的困境。其区域创新需要从学习型组织到溢出效应保护、从模仿合作到多重创新、从软环境营造到硬件建设等方面，构建创新网络，优化创新模式，营造创新环境。