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晚清时期清华由外务部、学部共管，北洋政府时期由外交部单管，南京政府时期先由大学院与外交部共管，最后由教育部直辖。清华隶属关系的变化是由于“庚子赔款”这一特殊的历史背景造成的。其变迁历史表明：两部共管的制度设计必然导致意见分歧与权力斗争，要解决部门办学问题须有赖于比各业务部门更高层政府机构的介入，清华大学改由教育部直辖为其未来发展奠定了坚实的基础。