大型底栖无脊椎动物是河流生态系统的重要组成部分,对水生态环境的变化极为敏感,其群落结构特征可有效指示河流水质及生态健康状况.为掌握淮河流域主要河流强人为干扰下水生态健康状况,分别于2014年夏季和秋季对淮河干流及其主要支流上27个站点进行水质、沉积物及底栖动物采样分析,运用统计方法分析了该区域底栖动物组成、优势种、生物多样性、群落结构时空特征以及与环境因子的关系.结果表明两季共获62个分类单元,4297个底栖动物,主要以软体动物门（Mollusca）和昆虫纲（Insecta）为主,其中昆虫纲主要为双翅目（Diptera）、蜉蝣目（Ephemeroptera）和蜻蜓目（Odonata）,分别占昆虫纲分类单元数的33.33%、21.21%和18.18%.其次,夏季平均密度为74.21 ind·m^-2,平均生物量为7.89 g·m^-2,优势种为米虾属（Caridina）和铜锈环棱螺（Bellamya aeruginosa）;秋季平均密度为27.53 ind·m^-2,平均生物量为1.13 g·m^-2,优势种则为米虾属、直突摇蚊属（Orthocladius）、四节蜉属（Baetis）和环足摇蚊属（Cricotopus）,但t检验差异分析发现,夏秋两季生物密度无显著空间差异（p=0.135）,而生物量空间分布则表现出极显著差异（p=0.002）.对比发现两季生物丰度的差异主要由软体动物门与甲壳纲（Crustacea）贡献;同时,昆虫纲类丰度分布也表现出季节性,夏季毛翅目（Trichoptera）明显多于秋季,而双翅目和蜉蝣目则显著少于秋季.冗余分析（RDA）发现水温、p H、总氮和沉积物重金属（Cd、Pb、Hg）的梯度变化是该区域底栖动物群落结构变化的主要驱动因子;其次,闸坝运行、边坡固化、岸边植被带及采砂活动等对底栖动物的栖息地与空间分布同样是重大干扰.