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异基因造血干细胞要求供者和受者HLA抗原最大程度的匹配，由于HLA的高度复杂性、多态性和多样性等遗传特点，尽管方法和试剂不断改进，在进行常规的HLA分型中除了会得到中分辨甚至高分辨的结果，还常常会得到很多种组合结果。这样以来虽然可能的结果都会被报告，但模棱两可的样本大大增加了，造成一些样本无法确认结果。