目前乙肝抗病毒治疗已经取得重大进展，以核苷类抗病毒药物为代表的一批新藥，在临床一线发挥着举足轻重的治疗作用。这批药物包括恩替卡韦、阿德福韦、替诺福韦、替比夫定、恩曲他滨、拉米夫定等。最早使用的第一代核苷类抗病毒药物，例如更昔洛韦、泛昔洛韦等，由于疗效不佳以及不良反应严重等问题，现已不再用于治疗乙肝。第二代核苷类抗病毒药物的代表是拉米夫定，该药自1999底开始在我国使用，抑制病毒作用非常显著，没有明显不良反应。但是随着用药时间的延长，发现该药容易出现病毒变异耐药现象，而且以每年15％～20％的速度递增，导致抗病毒治疗的效果锐减，有些患者病情会加重。因此，拉米夫定也不是长期治疗的理想药物。随着第三代、第四代核苷类抗病毒药物的涌现，拉米夫定已经逐渐淡出一线药物，取而代之的是恩替卡韦、阿德福韦，以及即将上市的替比夫定、替诺福韦、恩曲他滨等。现在我国正在使用的恩替卡韦抑制乙肝病毒的速度最快，该药在美国使用已经三年有余，发生变异耐药现象仅为3％左右。阿德福韦长期使用时发生变异耐药现象也比较少见，但是该药抗病毒能力相对较弱，大剂量使用可能会造成肾脏损害。
　　乙肝抗病毒治疗是一项艰苦、长期的攻坚战，对于病情已经发展为肝硬化的乙肝患者来说，抗病毒治疗是终身性的；对于一般的慢性乙肝患者，至少要花费2年以上时间。
　　对于乙肝病毒e抗原阳性的乙肝患者(俗称为“大三阳”)，一旦符合以下条件，就要抗病毒治疗：(1)乙肝病毒DNA定量检测大于10₅／毫升。(2)谷丙转氨酶水平升高，如果肝功正常，需做肝穿检查，如果肝穿病理检查结果显示炎症活动程度大于2级水平，也需要进行抗病毒治疗。治疗终点的重点是：采用PCR方法检测乙肝病毒DNA阴转，乙肝病毒e抗原／e抗体发生血清学转换(乙肝“大三阳”转为乙肝“小三阳”)，这种现象出现后再巩固治疗12个月方可停药。如果有条件的话，最好在治疗终点时做肝穿检查，如果肝穿免疫组化结果显示，乙肝病毒核心抗原已经消失，此时停药更加保险。对于乙肝病毒e抗原阴性的乙肝患者(俗称乙肝“小三阳”，这些患者虽然乙肝病毒e抗原为阴性，但是乙肝病毒DNA检测始终为阳性。这类乙肝患者病情更加复杂，治疗更有难度)，这类患者只要符合以下条件就要抗病毒治疗：(1)乙肝病毒DNA定量检测大于104／毫升。(2)谷丙转氨酶水平升高，如果肝功正常，需做肝穿检查，如果肝穿病理检查结果显示炎症活动程度大于2级水平，也需要进行抗病毒治疗。这部分患者抗病毒治疗需要无限期长期进行。
　　对于处于代偿期的早期肝硬化患者，如果乙肝病毒DNA定量检测大于10₃／毫升，无论肝功正常与否，都要进行抗病毒治疗，选用的药物为恩替卡韦或者阿德福韦，需要长期不间断服用。
　　对于处于失代偿期的晚期肝硬化患者，只要乙肝病毒DNA定量检测为阳性，无论定量数值高低，都要进行抗病毒治疗。此时可以选择拉米夫定或是恩替卡韦，或是联合阿德福韦治疗，需要长期不间断服用。如果需要进行肝移植的患者，需要在手术前提前使用，手术后坚持服用。肝硬化患者的抗病毒治疗是终身性的，一旦使用核苷类抗病毒药物，就要坚持到底，不能半途而废。