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以2003－2012年中国各地区高校科研面板数据为样本，应用随机前沿模型实证测算高校外部资助主体即政府与企业对高校科研效率的影响及其差异性，并运用门槛回归方法界定政府与企业资助的最优强度。结果表明：政府与企业资助对高校科研效率的提升效应均较为显著，短期内政府资助效应高于企业，但长期来看企业资助效应不断增强，超过政府资助效应，二者差距逐步扩大；目前中国政府资助强度最优区间为0．499～0．589，企业资助强度最优区间为0．344以上。