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瘴气严重制约着清朝政府对西南边境的正常管理活动,进而危害到西南边疆的安全稳定。为了保证中国对西南边境的持续性行政管控,清朝政府费尽心力,在军事行动、官吏选调、土司存废、出入境管理、货物运输、交通开发等领域,采取不同措施来应对瘴气对边境管理活动的干扰,甚至找寻多种药物医治瘴气,但皆未取得良好效果。终清之世,瘴气都对清朝的西南边境管理有着不可忽视的负面影响。