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[目的]为了丰富水禽源禽流感病毒的分子流行病学资料，明确我国国内首次分离的番鸭源H6N6亚型禽流感(Avian influenza virus，AIV)病毒A／Muscovy Duck／Fujian／FZ01／2008(H6N6)(以下简称MD／FJ／FI／08)全基因组的分子特征，弄清该病毒的遗传进化特点。
[方法]对其8个基因片段分别进行扩增和序列测定，并利用分子生物学软件对测序结果进行序列分析。
[结果]MD／FJ／FI／08的HA裂解位点附近的氨基酸序列为PSMKVIV↓GL，为非连续的碱性氨基酸，其静脉接种指数(IVPI)为0.15，推测其为一株低致病力AIV。其HA基因、NP基因、M基因和PB2基因均与我国台湾分离株A／duck／Kingmen／E322／04(H6N2)该基因的核苷酸同源性最高，分别高达94.2％、95.7％、97.2％和95.6％，均处于同一遗传进化分支。其NA基因和我国远东分离株A／duek／Eastern China／01／2007(H4N6)同源性最高，达97.1％;其颈部有11个氨基酸的缺失(TNSTTTINNN)，为N6亚型神经氨酸酶基因中首次报道，在遗传进化上和H4N6亚型AIV的NA基因处于相同的分支。NS基因和香港地区分离株A／duck／HongKong／3600／99(H6N2)同源性最高，达96.1％;PB1和PA均与高致病性禽流感病毒株A／duck／Hong Kong／140／1998(H5N1)同源性最高，达95.6％和96.7％。且MD／FJ／F1／08的8基因与H6N6亚型流感病毒北美洲分离代表株均不处在同一遗传进化分支上，相互之间遗传关系较远。
[结论]MD／FJ／F1／08可能是由H6N2、H4N6和H5N1等多亚型AIV基因重组而成。