菌渣是一种独特而丰富的有机物料，与化肥配施不仅能改良土壤质量还可以调控微生物群落。然而，土壤细菌和真菌对菌渣与化肥配施的响应是否一致仍不清楚。在水稻田间长期定位试验条件下，设置化肥水平（C）0%、50%和100%，菌渣相对用量（F）0%、50%和100%各3个水平，共9个处理，对土壤肥力与微生物群落的相关指标进行测定。结果表明，土壤全氮（TN）在C0F100处理中最高，碳氮比（C/N）、全磷（TP）、可溶性碳（DOC）和有效磷（AP）在C100F100处理中最高，土壤有机碳（SOC）、碱解氮（AN）速效钾（AK）和pH在C50F100处理中最高，较对照分别增加了55.56%、26.18%、26.46%、17.13%、279.54%、85.57%、41.61%、29.33%和4.62%。菌渣与化肥配施后，不同处理土壤细菌和真菌α-多样性存在显著变化，与对照C0F0处理相比较，各处理细菌β-多样性并未发生显著变化，却使真菌β-多样性发生了明显差异，且C50F100处理显著降低了真菌子囊菌门（Ascomycota）和粪壳菌纲（Sordariomycetes）的相对丰度。随机森林预测模型表明，AP和C/N分别是细菌和真菌α-多样性的主要驱动因子，AN、pH、SOC和DOC是细菌β-多样性的主要驱动因子，而AP和DOC是真菌β-多样性的主要驱动因子。相关性分析表明，真菌子囊菌门（Ascomycota）和粪壳菌纲（Sordariomycetes）与SOC、TN、TP、AN、AP、AK和C/N显著负相关。置换多元方差分析表明，菌渣对土壤肥力指标、细菌门及纲水平上优势物种、真菌门及纲水平优势物种、细菌多样性和真菌多样性的变化贡献率分别为46.35%、18.47%、41.57%、23.84%和10.42%，菌渣和化肥的交互效应对细菌和真菌多样性变化的贡献率分别为9.90%和35.00%。综上所述，施用菌渣较化肥在影响土壤肥力指标含量和微生物群落变化方面更具优势。