微型真核浮游植物是海洋生态系统中能量流动和物质循环的关键环节,对维持海洋生态系统的稳定发挥着关键的作用。本研究首次应用DNA metabarcoding技术探讨黄海微型真核浮游植物的物种组成及多样性,对比分析ITS、18S rDNA V4和18S rDNA V9扩增子条件下微型真核浮游植物的群落结构及多样性水平,并探讨了其多样性与温度、盐度的响应关系。结果表明:(1)基于ITS扩增子获得的微型真核浮游植物中绿藻门所占比例较高,而基于18S rDNA V4和18S rDNA V9扩增子获得的甲藻门相对丰度较高。(2)基于18SrDNAV9扩增子获得的微型真核浮游植物的ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数较ITS和18S rDNA V4扩增子更高,而且其门、纲、目和科的数目较高。(3)黄海微型真核浮游植物的Shannon指数与温度呈现出显著正相关的关系(P<0.01),而与盐度呈现出显著负相关的关系(P<0.05)。本研究通过对比不同扩增子条件下黄海微型真核浮游植物的群落结构及丰度特征,丰富了黄海微型真核浮游植物的认识,可为今后该海域微型真核浮游植物的生态学研究、生物多样性监测、生物资源动态变化及持续开发生产等方面的分析提供科学依据。