乙型肝炎病毒感染，容易造成感染者的免疫耐受状态，即自身不能清除病毒，因而体内长期携带乙肝病毒。乙肝病毒持续存在的后果，是逐渐演变为慢性肝炎、肝硬化，甚至肝癌，最终危及患者生命。
　　乙肝病毒感染人体后，经过血液循环到达肝脏，穿过肝细胞膜进入肝细胞，然后脱去包膜，病毒DNA（即HBV-DNA，乙肝病毒脱氧核糖核酸）进入肝细胞核内，利用细胞内环境复制产生新的乙肝病毒；新产生的乙肝病毒再进入其他未感染的肝细胞，不断造成肝细胞损害，表现为转氨酶反复升高，病情慢性化而不断发展。因此，从理论上讲，乙型肝炎治疗的根本在于彻底清除乙肝病毒。只有彻底消灭乙肝病毒，才能从根本上治愈乙型肝炎。
　　目前认为有确切疗效并经国家SFDA（国家食品药品监督管理局）批准的抗病毒药物，主要是干扰素和核苷类似物两大类。以普通干扰素和拉米夫定为例，常规疗程分别为6个月和一年。在治疗过程中，随着病毒量的变化和自身免疫功能的恢复，肝功能常会有较大幅度波动，病毒也可能出现变异，需要医生随时处理，因此，在接受抗病毒治疗期间，应定期与医生联系。
　　据亚太地区肝病学会推荐，慢性乙型肝炎以清除或持久抑制乙肝病毒复制为主要治疗目标。短期目标以减轻肝脏炎症、预防肝纤维化和（或）肝功能失代偿，确保HBV-DNA消失和ALT（丙氨酸氨基转移酶）复常为主；远期目标是防止ALT反弹导致肝功能失代偿，防止进展为肝硬化和（或）肝癌，延长患者生存时间。研究证明，肝硬化病人分别使用拉米夫定和安慰剂3年后，服用拉米夫定的患者肝硬化进展比服用安慰剂者减缓55%。
　　国内外多项临床试验证实，抗病毒治疗过程中24周是关键时间点。因此，在使用拉米夫定治疗24周后，应该及时监测。如果此时患者的HBV-DNA小于103，说明远期效果比较好，可以继续单药治疗。否则，就需要联合拉米夫定和阿德福韦进行治疗，这样不但抗病毒能力强，产生耐药的几率也比较少。
　　为了达到最好的治疗效果，须对患者进行筛选，符合指征者在医生指导下开始治疗。一般来说，ALT持续增高、HBeAg（乙型肝炎E抗原）阳性和HBV-DNA低水平者，可以获得较好疗效。绝大多数儿童和青少年携带者病毒水平很高，HBeAg阳性，但ALT正常，抗病毒疗效多不好，不应盲目使用。他们应定期去医院随访，根据病情变化，寻找最佳的抗病毒治疗时机。肝脏活检能够对肝脏病变程度做出准确判断，对指导抗病毒治疗有重要意义。