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孙歌在日本政治思想史研究中借助竹内好研究寻求进入历史的方法，以自我否定的方式重建主体，并提防抽象的侵蚀。作为“东亚知识共同体”的推动者，孙歌试图培养对国际关系更深刻更理性的观察角度，使“亚洲／东亚”论述摆脱实体化陷阱而真正成为有效的方法。孙歌认为知识分子只有不断追问知识存在方式及自己的社会责任，不断自我否定，才能真正进入历史，从而走向世界。日本思想史研究是孙歌介入社会的方式和作为学者的社会责任，更是我们生活着的“中国”提出的思想史课题。