《英雄内战》事件发生。美国政府通过了一项法令，要求所有的超能力者必须登记注册，引起英雄们极大不满。英雄们分裂为以钢铁侠为首的支持法令的一派，和以美国队长为首的反对派。两派爆发内战，新复仇者们也由于成员们各自的立场不同而分崩离析。玛丽亚·希尔带领神盾局追捕斯蒂夫。
　　神盾局很多成员都要定期看心理医生检查心理状况，不料这心理医生却是反派浮士德博士所假扮，他懂得很厉害的催眠术，和卢金合谋操控了莎伦。巴基受尼克·弗瑞之命潜入神盾局的基地，控制住一个机械人，查出卢金的行踪，发现他曾往拉脱维亚寻找毁灭博士，毁灭博士给了他一件仪器作交易，卢金亦和佐拉联手对付斯蒂夫。
　　尽管内战中美国队长一方渐渐占了上风，但当他目睹内战造成的破坏，意识到这样的战斗恰恰证明了对方的观点——英雄们带给人们的是损害时，他停止了抵抗，选择了投降。斯蒂夫随即遭到逮捕，被带往法院受审。他在法院门前被狙击枪射中肩膊，随后在混乱中，再次被用手枪击中。巴基和猎鹰立即追击第一个枪手，发现那人就是交叉骨，将他擒下。在医院内，原罪假扮成护士向莎伦说了一句催眠的密码，令莎伦记起一切，原来近距离枪杀斯蒂夫的人，就是被催眠的莎伦。
　　斯蒂夫死后，他的身体变得非常瘦弱，可能是因为他体内的超级士兵药物出现反效果所致。莎伦向神盾局辞职，曾因此事想过自杀却下不了手，猎鹰来找她，要她一起去找寻巴基。
　　斯蒂夫临死时留下遗嘱给钢铁侠，即希望巴基成为下任的美国队长。于是钢铁侠派出黑寡妇去找巴基。巴基为拿回斯蒂夫的盾，和黑寡妇大打出手。他打晕黑寡妇并拿走了盾。原罪闯入了神盾局救出了交叉骨，也因为这样，钢铁侠知道了有些神盾局的成员被人催眠而变节，他重看当日斯蒂夫被杀的录影，想到莎伦有可能也被人催眠而枪杀斯蒂夫。
　　巴基想对付卢金，却反被他擒住。另一方面莎伦发现自己有了身孕，同时她仍然处于半催眠状态，打晕猎鹰及黑寡妇回到卢金的基地。浮士德博士尝试催眠巴基但不成功，然后猎鹰及黑寡妇来袭，逃走时莎伦把巴基抛出飞机外，被猎鹰接住。巴基被带到天空母舰上，他认为斯蒂夫的死归罪于钢铁侠，出手攻击他，钢铁侠让巴基看了斯蒂夫的遗嘱。巴基继承斯蒂夫的遗愿，成为新的美国队长。
　　卢金利用被催眠的神盾局特工捣乱，同时又命原罪及交叉骨刺杀参议员戈登·怀特，都被新任美国队长巴基阻止，随后怀特宣布参加竞选下任总统。
　　莎伦在红骷髅的基地发现了斯蒂夫，不过这其实是整容后的第四任美国队长 威廉姆·伯恩赛德。他落到红骷髅手上，浮士德博士将他催眠，令他以为自己才是真正的斯蒂夫 ，并在电视上亮相再次救回参议员怀特，声望大增。新美国队长巴基和假美国队长大战。莎伦尝试逃走，却被原罪插了一刀而流产。
　　卢金让佐拉继续研究毁灭博士的仪器，并希望把他和红骷髅的思想分开。浮士德博士则暗地里离开他们，临走前留下GPS仪器让神盾局能找到这里，而他也一直在帮助参议员怀特，所以其实怀特竞选总统是卢金的阴谋。黑寡妇攻入基地，巴基则去救参议员，并挡住了飞弹，群众和记者都认同他为美国队长。佐拉把将莎伦锁在毁灭博士的仪器上，但开动仪器前莎伦脱困了，莎伦射杀了卢金，假美国队长亦出现刺死了佐拉。神盾局发现了参议员怀特和红骷髅之间的关系，怀特被逼宣布辞职。
　　莎伦记起了自己曾有身孕及流产的事，她同时记起了佐拉曾将她锁在一个仪器前，她隐约看到光芒中有一个熟悉的人影。
　　在第六百期有不同的作者及画家编写多个故事，有些是记念斯蒂夫的，有一个则讲述斯蒂夫逝世一周年（漫画内的时间），莎伦回到了事发现场，她记起被催眠时曾把手枪交给另一人，于是去旧址寻找这人和手枪，发现那并不是一柄普通的手枪。新复仇者众人来到一周年记念现场，莎伦突然出现并说斯蒂夫还未死。