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[目的]分析江苏常熟河川沙塘鳢个体大小不一的2个群体之间的遗传差异性。[方法]采用ISSR分子标记技术对2个群体进行遗传分析。[结果]从77个ISSR引物中筛选出3个引物，对2个群体共24个样品进行扩增，获得27个清晰的扩增位点，其中多态性位点19个，多态位点百分率为70．37％。结果表明，大沙塘鳢的遗传多样性水平略高于小沙塘鳢。大小沙塘鳢群体间的遗传距离为0．2194，群体间的Nei’s遗传分化系数为0．1904。利用MEGA3．0软件构建沙塘鳢24个个体的UPGMA系统树，显示出较明显的分支。[结论]