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如同许多其他生理过程一样，免疫也需要兴奋和抑制两种对立统一的调节，才能维持其正常的功能。免疫学的早期更多地关注免疫应答的诱导，后来免疫应答的抑制性调节日益成为免疫学研究的热点之一。尽管胸腺的阴性选择克隆清除了自身反应性T细胞，并建立了机体的自身耐受，但仍然有一部分自身反应性T细胞逃脱了这一过程，并与机体的某些保护性机制建立了一个微妙的平衡，从而形成自身耐受。最初的观点认为，这些机制主要包括T细胞无能以及T细胞忽视。