他最大的挑战来自党内不同派系，而非民进党。
　　
　　2008年3月22日台湾人民以超高选票将马英九推向权力顶峰，马在取得政权后除频频赴外请益与谢票，另须构思相关的人事安排，经三顾茅庐深谈，马选择同为湖南人的刘兆玄出任“行政院长”。
　　从马英九的意气风发，国民党高层静默不语到大佬们的静观待变，不难想象刘兆玄的出线全然是马一手主导，暗示未来5月20日后马正式就职，刘兆玄奉命组阁所面对政局险恶将来自党内不同派系势力的挑战，而非民进党的掣肘。
　　之所以如此，主要是与马英九和刘兆玄个人从政性格有关。此因马英九在选前虽代表国民党参选，但马对国民党的印象却认定是“包袱”，刻意与国民党保持距离，从马自设“选务”办公室到选择萧万长为副手，马都避开国民党高层，甚至连知会都没有。期间协同马扮演劝进角色的则是刘兆玄，显示刘兆玄说话分量远高过国民党荣誉主席连战、亲民党主席宋楚瑜、国民党主席吴伯雄、秘书长吴敦义、“立法院长”王金平等人，是以当马力排众议宣布萧万长为其副手前，消息释放者竟然是刘兆玄，说明马萧刘三人形成府院“九万兆”的传言绝非是空穴来风。
　　当时政坛传言马英九若选上大位，必然会筹组“马立强”内阁。所谓“马立强”内阁系指国民党三杰马英九、朱立伦、胡志强等三人筹组的府院人事。但求证于胡志强、朱立伦等人，他们却说“应该注意的是九万兆内阁”，暗示阁揆必然是刘兆玄，不必在他们身上打转。事后底牌掀开，果然是府院之间“九万兆”铁三角主导台湾政局。显示马英九不论在选前、选后都认定刘兆玄是其阁揆的第一人选，绝非是国民党高层刻意释放出的江丙坤。
　　
　　理解政治风险
　　
　　刘兆玄之父刘国运是国府二级上将，长期追随周至柔，是周倚重的谋略之士。刘国运出身于黄埔六期，后转入军校航空班，位次升迁至参谋次长，经常为周至柔筹谋献策因故得罪蒋经国，待周至柔下台，刘国运即被投闲置散，一搁就是十三年。直到刘国运因肝癌不久于人世意图晋升为二级上将，不惜上书向蒋忏悔，蒋经国念其勋劳，于刘去世前两周核定特准其晋升，刘才安然瞑目，时年61岁。
　　
　　对于这段心路历程，陪侍父侧的刘兆玄必然有刻骨铭心的感受。刘兆玄曾说：“他的一生只是拿笔杆的参谋人员，他跟对长官周至柔一路晋升，却也因为跟错长官周至柔得罪蒋经国，真是成也周至柔，败也周至柔。”
　　从这段话不难看出，刘兆玄对政治风险，有一定程度的理解。所以他选择化学为职业在相当程度上是受乃父影响。
　　
　　阻力来自家人
　　
　　刘出任阁揆的阻力来自家人，刘的三哥台湾中央大学校长刘兆汉认为，刘兆玄处事明快、话多，对官僚系统要求过多必然会得罪人，何苦在“老年”之际跳火坑。而刘的夫人钱明赛曾是台湾十大杰出女青年，一向在个人专业领域发展，不耐烦琐的官场礼仪，许多应酬和社交场合，钱明赛很少参加，都由刘一人出席。如今刘任阁揆，钱必须牺牲个人生活去成全刘，为此钱并不主张刘出任阁揆。
　　再者钱也认为，台湾政坛一向以糟蹋人为主，如刘的长官萧万长，先受李登辉摆弄，后被连战弃用，再受陈水扁糟蹋，若非马英九，萧绝无可能起复。比之于萧，刘的政治处境更困难，马英九要“老手上路”指派刘任阁揆，为解决眼前问题，刘不可能培植新人，只有找前朝遗老回锅出任要职，当人选还未排定，谢长廷就戏称这是“千岁内阁”、“老狗玩不出新把戏”。当刘有意从外觅才，国民党内部即传出这是“海归内阁”、“博士见习生内阁”，话讲得非常难听，令钱明赛很难适应。
　　
　　未来考验还没开始
　　
　　不论是家人反对，或是外界批评，刘兆玄既然是马的阁揆，问题不在家人或是外界批评，而是马要刘兆玄扮演何种角色。国民党内部传的“牛(刘的谐音)马内阁”，颇能一针见血地点出刘兆玄“做牛做马”结果，到底能否完成马的政见。刘兆玄于在野期间虽与马无话不谈，为马挡不少子弹与炮火，但在庙堂之上，二人囚从政性格不同是否会产生龃龉则有待观察。
　　马英九任期4年，刘兆玄则年过65，马有民意支持，刘有乃父阴影，刘是位典型的技术官僚，而马是位自有主张的政治人物，在无所争的时代二人可以无话不谈，但在解决问题上，马英九能听进多少有待观察。
　　刘的一位长官认为，马刘都不是擅于处理人事问题的高手，他们所看重的均是专业技术问题，而非执行组合的问题。于此这位长官的见解是，马刘表面上会以沟通化解歧见，但沟通并不等同于问题就能解决。毕竟摆在台湾眼前的问题是松绑法令活络经济和提升产业，已非过去的政治纠葛问题，如果马刘看不清问题症结所在，用刘搞千岁内阁仍解决不了台湾困境，以此分析刘的组阁，只是马应付燃眉之急的一着棋，未来考验还未开始，值得马英九警惕。