新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)自首次确诊以来,引起了全社会的高度关注,中医药针对COVID-19肺炎发病全过程治疗的参与度高,临床疗效确切。中医药以整体观念和辨证论治为理论和思维特色,证候是中医药理论的核心,该研究以"症状"为切入点,运用中药整合药理学网络计算平台2.0(TCMIP V2.0,http://www.tcmip.cn/),构建COVID-19肺炎初期(寒湿郁肺证)、重症期(疫毒闭肺证)、危重期(内闭外脱证)、恢复期(肺脾气虚证)4个时期代表证候和代表方剂的分子网络,探析COVID-19肺炎各阶段证候的生物学基础及推荐方剂对证治疗的分子机制。结果显示,"免疫-炎症"相关分子可能贯穿COVID-19肺炎发病和进展全过程,在重症期和危重期患者炎症分子网络占比明显加大,该时期可能存在细胞因子风暴,同时出现呼吸障碍、心肺功能失调、神经系统紊乱等多脏器分子网络失衡。推荐方剂具有潜在的增强机体免疫功能、减轻炎症反应、加强营养物质吸收代谢、调节能量代谢、缓解心肺功能异常、调节神经系统功能等多方面作用,推测对呼吸困难、胸闷气促、腹胀便秘、汗出肢冷、神昏、烦躁等症状具有较好的改善作用,体现了"多成分、多靶标、多通路、多效应"的整合干预特点。该研究系统构建COVID-19发病4个阶段证候的分子网络,体现"对证"和"对症"治疗的中医优势和特色,对于揭示推荐方剂作用原理和科学内涵有所帮助,以期对中医药防治COVID-19提供参考。