有一个小男孩，名字叫军军。军军很活泼，每天都在跑步、爬树、踢皮球……一刻也不休息。口渴了，就打开水龙头喝几口。饿了，就抓起点心吃。妈妈叫他去洗手，他满不在乎地说：“不干不净，吃了没毛病。”
　　真的吗？
　　一天，军军玩累了，一屁股坐在地上，手也没洗，汗淋淋、脏乎乎的，抓起饼干就开吃。军军不知道，有一个圆圆胖胖的细菌——它是金色葡萄球菌，名叫球球——正躲在他手上的脏东西里面。这时它一看军军在吃东西，就赶快爬到饼干上，让军军把它吃到肚子里。
　　军军口渴了，他又跑到水龙头前，喝了几口自来水。哈，一个瘦瘦长长的细菌——它是大肠杆菌，我们就叫它杆杆吧——正在水里游泳。它很喜欢没烧开的生水，因为它怕热。它正游啊游……突然，水流加快了，杆杆从水龙头里面冲出来，被军军一口喝了进去。
　　球球和杆杆相遇了。它们在军军舌头上跳啊跳，高兴极了。球球大声说：“我要去喉咙滑滑梯，去胃火车站坐火车，去小肠迷宫探险。杆杆急忙跟过来：“我也去、我也去！”
　　它们先来到喉咙门口，先看到了军军的扁桃体（如果你长大嘴巴，就可以从镜子里面看到自己的扁桃体）。它哈哈大笑；“扁桃体想挡住我们？哼，看我的！”
　　球球用力撞到扁桃体上，又抓、又踢、又咬。不一会儿，扁桃体就又红又肿了，赶紧通知大脑：“警报、警报！有坏人入侵，有坏人入侵！”
　　军军身体里面的白警察——就是白细胞——听到警报，立即穿上警服出动了。
　　白警察赶到扁桃体，看到一片狼藉，急忙问：“坏人呢？”扁桃体哭着说：“我没拦住它们，它们跑了。”白警察留下人手修复扁桃体，自己向喉咙里面追去。
　　再说球球和杆杆，在扁桃体这里搞完破坏，就顺着喉咙滑梯滑了下去。它们觉得很好玩，还玩了好几次呢。
　　喉咙滑梯玩腻了，它们跑到了胃的小火车站里面。胃里面有很多小精灵，它们会把食物磨碎，加上胃液，装进小火车，送到小肠去吸收营养。
　　小精灵们正忙忙碌碌，磨食物的磨食物，运货的运货，开车的开车……谁知这时球球和杆杆一来，就下了命令：“都停下，所有的火车我们都征用了！”
　　小精灵不答应：“我们很忙，得赶紧把食物运到小肠迷宫去，不然军军没有营养，会长不高的……”话还没说完，球球和杆杆就凶巴巴地冲上去，把小精灵们打得跑的跑，哭的哭。它们又踢坏了胃液池子，坐到小火车上，玩碰碰车，撞坏了一辆又一辆小火车，又撞坏了火车站的房子，扯坏了火车站的路轨。正在这时候，白警察来啦。球球和杆杆一看，急忙逃跑了。
　　军军呢？他先是扁桃体发炎，喉咙很痛。妈妈让他喝点牛奶，可他一点也喝不下，因为胃也被弄坏了。
　　球球和杆杆为了躲避白警察，跑到了小肠迷宫里。小肠迷宫又细又长，弯弯曲曲的。杆杆说：“这次看我的。”它把尖尖的头往小肠迷宫上一钻，钻出了一个洞。它们从这个洞爬到了另一段迷宫里面，又在里面搞破坏，弄得到处都是洞洞和口子。
　　“这下子白警察要迷路了，它抓不到我们啦！”球球和杆杆乐得直打滚。
　　这下，军军的小肠发炎了。他又拉肚子，又疼，还发烧……天啊，太难受了！妈妈急忙把军军送到了医院。
　　球球和杆杆还在小肠里又蹦又跳。忽然，药品特种部队从天而降，吓得它们到处跑。白警察正迎面赶来，它一个飞扑，把球球和杆杆压倒在地，然后和药品部队一起，把球球和杆杆抓了起来。最后把它们和排泄物一起，从军军的身体里扔了出去。
　　这时候，医生阿姨正在严肃地批评军军：“你吃饭不洗手，喝没烧开的生水，所以病菌才会跑到你身体里去搞破坏。以后一定要讲卫生，勤洗手，不能再这样马马虎虎！”
　　军军羞愧地说：“阿姨我知道错了，我一定会改正。”
　　从那以后，军军真的开始讲卫生了。他每天都认认真真地洗手，喝妈妈烧好的开水。球球、杆杆和其他的坏细菌都躲在外面的脏东西里唉声叹气，可就是没办法再到他的肚子里去搞破坏啦！