【目的】获得冬瓜转录组序列、遗传变异等信息，从中挖掘冬瓜基因数据及SSR分子标记，为冬瓜后续研究提供数据支撑。【方法】以冬瓜嫩叶为材料，利用Illumina HiSeqTM 2000技术对冬瓜进行转录组测序，构建数据库从中获得干净序列。经De novo拼接组装后，将获得的单基因簇（Unigene）数据在非冗余蛋白数据库(nonredundant protein database，Nr)、蛋白质序列数据库( Swiss Prot protein database，Swiss Prot)、基因本体论数据库(gene ontology，GO)、蛋白质真核同源数据库(eukaryotic orthologous groups，KOG)、东京基因与基金组百科全书( Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG)、蛋白质家族域数据库(protein families database，Pfam)6个公共数据库中进行比对，最终得到冬瓜单基因簇注释信息。利用MISA软件对转录组单基因簇进行搜索，获得单基因簇中的SSR位点。【结果】从冬瓜嫩叶中得到62 021 032条高品质序列，组装后获得40 611条单基因簇，平均长度955 bp。将所有单基因簇在Nr和Swiss Prot数据库中进行比对，结果分别比对到27 474条及19 573条单基因簇；在GO数据库中，所注释到的10 659条单基因簇分别匹配到生物功能、分子功能和细胞组分3个本体的47个功能组中；与KOG数据库进行注释比对，根据其功能将注释到的单基因簇划分为25类；KEGG数据库比对注释到10 799条冬瓜的单基因簇，可分为5个大类、19个亚类、125条代谢途径；在Pfam数据库中比对到17 990条单基因簇，分属于369个类群。SSR位点搜索发现，有5 086条单基因簇包含SSR序列，获得5 474个SSR位点。【结论】利用高通量测序获得大量冬瓜转录组信息，有助于从分子水平对冬瓜进行深入研究。