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我国《环境保护法》修订后,污染物总量控制制度成为环境法体系中的一个基本制度。我国《环境保护法》对污染物总量控制制度的规定比现行其他污染防治法要严格。对新旧法律规定不一致之处要区别对待,应采用目的解释和体系解释等方法,并遵循我国《立法法》关于法律冲突的规定,适用更为严格的我国《环境保护法》的规定。污染物总量控制制度实施的重点是控制指标的设定和分配,实践中以“合理性”、“价值判断”为导向的做法,在我国《环境保护法》修订后应严格遵守程序性规定,以保障其在合法性框架下运行。