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运用随机前沿引力模型和非效率模型实证分析发现,本科院校、地方教育局及高职院校的审计效率平均值依次递减,三类机构都存在着较大的审计效率提升空间。机构异质性和监督距离对教育机构的内部审计效率影响显著,且这种影响在三类机构中存在一定的差异性。本科院校应加强审计技术创新,重视专项审计;地方教育局应理顺管理体制,优化内部审计环境;高职院校应加强审计人员培训和健全审计制度。