通过比较猪苓生长土壤与自然土壤(非猪苓生长土壤)中微生物区系,从猪苓生长土壤和自然土壤中各自分离得到6种主要类型的菌,猪苓生长土壤中细菌、纤维素分解菌和固氮菌的菌落数较多,霉菌次之,放线菌、酵母菌较少。自然土壤中细菌的菌落数较多,放线菌、酵母菌、霉菌次之,固氮菌和纤维素分解菌较少。猪苓生长土壤中纤维素分解菌的菌落数比自然土壤高3个数量级,固氮菌高2个数量级,霉菌高1个数量级,而放线菌、酵母菌和细菌则低1个数量级。而后又从2种土壤中各自分离纯化出5种已知的霉菌,分别为青霉属、交链孢霉属、毛霉属、根霉属、曲霉属,以及未鉴定出的其他霉菌,并且猪苓生长土壤中各霉菌数量都高于自然土壤,青霉属最为明显。猪苓生长土壤中合理的微生物比例,对猪苓人工种植产量和品质的提高均具有积极意义。