【摘 要】
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DNA序列数据是一类重要的生物数据.研究DNA序列数据解读其含义是后基因组时代的主要研究任务.数据挖掘是目前最有效的数据分析手段之一,用于发现大量数据所隐含的各种规律,也
【机 构】
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复旦大学计算机与信息技术系,上海生物信息技术研究中心
【基金项目】
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No．60573093(国家自然科学基金);No．2006AA02Z329(国家高技术研究发展计划(863))~~
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DNA序列数据是一类重要的生物数据.研究DNA序列数据解读其含义是后基因组时代的主要研究任务.数据挖掘是目前最有效的数据分析手段之一,用于发现大量数据所隐含的各种规律,也是生物信息学采用的主要数据分析技术.将数据挖掘技术用于DNA序列数据分析,已得到了广泛关注和快速发展,并取得了许多研究成果.综述了DNA序列数据挖掘领域的研究状况和进展,提出了3个研究阶段:基于统计的挖掘方法应用阶段、一般化挖掘方法应用阶段和专门的DNA序列数据挖掘方法设计阶段.阐述了DNA序列数据挖掘的基础是序列相似性,评述了DNA序列数据挖掘领域所采用的关键技术,包括DNA序列模式、关联、聚类、分类和异常挖掘等,分析讨论了其相应的生物应用背景和意义.最后给出DNA序列数据挖掘进一步研究的热点问题,包括DNA序列数据新的存储和索引机制的设计、根据生物领域知识的数据挖掘新模型和算法的设计等.
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