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实验选用112对SSR引物对10个甜椒自交系进行扩增，综合考虑扩增带的清晰度、多态性、引物重复性等，筛选出CM2、CM26、CM28、CM46、CM52、CM53、CM62、CM63、CM76、CM77、CM86和CM96这12对引物，构建出10个甜椒自交系的指纹图谱。其中仅用1对引物就能辨别的供试材料有4组，2对引物组合方能辨别的有2组，需3对引物组合才能有效区分的为余下的4组。说明利用SSR分子标记构建甜椒自交系的指纹图谱是行之有效的，可为知识产权保护提供科学依据。