目的:筛选急性缺血性中风阴类证、阳类证患者血清的差异表达长链非编码核糖核酸(lncRNA),微小RNA(miRNA),信使RNA(mRNA),获取基因间调控关系,从转录组学层面探讨急性缺血性中风阴类证、阳类证形成的物质基础与生物学机制。方法:使用lncRNA,mRNA及miRNA芯片微阵列,分别检测急性缺血性中风阴类证、阳类证与非中风受试者(各10例)血清中lncRNA,miRNA与mRNA的表达情况,通过联合分析,筛选出阴类证、阳类证相关的差异表达谱。对获得的差异基因进行反义lncRNA与mRNA共表达分析、基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能通路分析,获取基因间调控关系,预测lncRNA的靶基因。对40例(阳类证10例,阴类证30例)样本中部分差异基因进行实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)验证。结果:227个lncRNA,54个mRNA,4个miRNA的表达与阳类证密切相关,394个lncRNA,206个mRNA的表达和阴类证密切相关。阳类证组中反义lncRNARP11-647P12.1和RP11-677M14.2可能通过上调表达水平,分别调控神经元衍生神经营养因子(NDNF)和神经颗粒素(NRGN)的基因表达。通路富集显示,阴类证、阳类证之间转录组表达谱差异主要与血压调节、神经递质受体活性调节、内分泌激素调节、炎症反应、肾素-血管紧张素系统等通路相关。结论:急性缺血性中风阴类证、阳类证的lncRNA,miRNA,mRNA表达谱存在差异,阴、阳类证的表型差异可能由血压调节、肾上腺素能受体调节、肾素-血管紧张素系统以及γ-氨基丁酸(GABA)等多个通路的共同参与。转录组学特征为研究急性缺血性中风阴类证、阳类证的生物学基础提供了一定的科学依据。