以873家战略性新兴产业上市公司为研究对象，采用产出导向的DSBM模型测算两阶段整体和不同细分产业的动态创新效率。基于微观企业层面，分别以营业收入增长额、营业收入、营业收入增长率作为技术成果转化阶段的创新产出指标，测算并比较对应的创新效率。结果表明，以营业收入增长额作为创新产出更加符合实际情况，不同细分产业的创新效率存在异质性。进一步运用Tobit模型分析影响企业创新效率的因素发现，在技术研发阶段，企业规模、资产收益率、研发强度、劳动者素质、企业性质对创新效率具有正向影响，研发人员、研发资金、企业年龄、政府补贴对创新效率存在负向影响；在成果转化阶段，发明专利授权数、企业规模、资产收益率、研发强度、劳动者素质对创新效率具有正向影响，员工总数、研发支出、企业年龄、政府补贴、企业类型对创新效率存在负向影响。在创新驱动发展战略实施背景下，结论可为测度战略性新兴产业上市公司动态创新效率提供指导，为提高战略性新兴产业上市公司创新效率提供决策参考。